《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
虽和五阿哥永琪（古巨基 饰）最终结为连理，但是小燕子（黄奕 饰）丝毫不改调皮顽劣的本性，伙同永琪、尔康（周杰 饰）、紫薇（马伊俐 饰）又惹出不少乱子，更时不时假传圣旨安排晴儿（王艳 饰）和萧剑（黄晓明 饰）见面。在此过程中，小燕子渐渐弄清了自己的身世，由此对永琪和一向亲近的皇阿玛产生了矛盾复杂的情怀。皇太后担心永琪的子嗣问题，遂将美女知画（秦岚 饰）送到永琪身边，也使得小燕子和永琪之间产生更大的裂痕。不久，边疆发生战乱，尔康随军南下，他和紫薇也面临着生离死别的考验……
故事发生在上世纪初的香港，小喇叭（张卫健 饰）是一位正义感极强的青年，自愿加入水警队，为国家效力。一次偶然中，贺定国（谭耀文 饰）抓住了猖獗的海盗头子古豹，因此而成为了陆警总司令，他和小喇叭在一次行动中不打不相识，最终成为了肝胆相照的挚友。
身体的主人郝强，正在准备向自己的领导进行述职报告，无奈由于压力过大导致人体情报局内各个部门机能瘫痪，而此时压力皮质醇“小鸭鸭”趁机夺取了郝强身体的控制权，而人体情报局的两位探员“郝健康”和“尔萌萌”也正想尽一切办法破除危机。在双方幽默搞笑的相互较量之中，郝健康和尔萌萌却无意中发现了快速减少压力的小妙招，这究竟是......？
