故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,一名外星人意外从宇宙坠落,他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”,并有着“究极”的称号。失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样,被人称为“宙人”。初到地球的宙人,对人类充满好奇,积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽展开战斗。
房成是清源堂名医谷风所雇佣的管家,谷风的儿子在一场意外之中溺水身亡,谷老太将过错怪罪到了房成的身上,令后者大为不满。为了报复谷家,房成将自己和姘头何秀所生的女儿蔷薇同房家的千金小姐忍冬掉包了。就这样,私生女蔷薇成为了谷家的掌上明珠,过上了衣食无忧的生活,而忍冬则由何秀抚养,生长在赤贫的环境之中。一晃眼多年过去,忍冬和蔷薇都出落成为了亭亭玉立的少女。在机缘巧合之下,忍冬以学徒的身份重新回到了清源堂,在那里,她邂逅了名为韩冲的男子。蔷薇一直爱慕着正定,但正定渐渐被忍冬的聪慧和勇敢所吸引,令蔷薇对忍冬十分憎恶。