白牡丹（朱近桐 饰）不受感情的左右，决心要找出父亲的死因。随着白牡丹与阎良（朱旻昕 饰）多番博弈，两人决定联手寻找真相，他们之间的感情慢慢摩擦升温。但由于程峰（胡博文 饰）的插足，阎良与白牡丹之间不断产生误会。“杀父仇人”与“爱人”之间的角色的迥异，让白牡丹不得不面临艰难抉择的抉择。在此国仇家恨面前选择了为民族大义，联手共抗敌人。
郑叮叮（康宁饰）和男友陈珣（赵毅新饰）相恋多年，为感情她曾一度搁置自己的宠物玩具设计梦想，一心只为对方考虑。直到察觉陈珣仍对前女友念念不忘，郑叮叮决定放弃这段不平等的感情，在乳腺科医生宁为瑾（胡耘豪饰）的鼓励下重拾梦想。宁为瑾对郑叮叮产生好感，告白却被她以需要专心事业为由拒绝。宁为瑾并没有放弃，转而在工作和生活上处处关心，郑叮叮不知不觉对他产生爱慕，两人走到一起。尽管因为职业、家庭背景遭遇诸多问题，两人却努力为对方克服各种困难，这段感情让郑叮叮找回了自己，变得自信，也让宁为瑾放下了曾经的固执。在郑叮叮的帮助下，宁为瑾也解开了与父亲的心结。然而因为一次严重误会，宁为瑾提出分手。这次郑叮叮主动挽回，终于解除误会，最后两人修成正果。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
