ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
在未来，由于地球资源枯竭，人类面临着严重的死亡威胁、感染疾病、饥荒和战争，地球即将走向灭亡。一组科学家推出“立方计划（HEXA）”，旨在于太空中探索和寻找一个人类可居住的星球。
