改编自影照在晋江文学城网站的连载小说《午门囧事》，讲述了铁饼运动员齐春娇经历职业生涯终断、初恋告白失败、与母亲产生隔阂等一系列崩溃事件后，意外头部受伤竟成为了古代千金顾清乔，与此同时暗恋对象段玉和他的侄子段邵义、男闺蜜陆子筝、队医阮似穹也都化作了不同身份与她再次结缘相遇，几人联手探寻“四灵”宝物的传奇之旅中，慢慢化解了她的心结，令她学会了爱并找到人生新方向的故事。
何亚春（李影 饰）很早就失去了丈夫，独自将五个子女拉扯大，一家人不知道吃了多少的苦头，受了多少的委屈。拮据的经济迫使何亚春在牌馆出千，被抓后逃亡菲律宾，之后又遭奸人嫁祸，背负上了杀人的罪名锒铛入狱，为了子女，何亚春忍辱负重十八年，终于盼到了出狱的那一天。之后，她回到了香港，和子女团员的日子终于来临。
民国初年，军阀混战时期，船工子弟陈二娃在机缘巧合下，在重庆较场坝开了一家火锅馆。躲债的富家小姐李若兰、为清剿山匪而潜心卧底的魏天南和一心想讨老婆的大龄青年曾宝玉先后成为馆子的伙计。火锅馆刚开张，各种意想不到的事便接踵而来，先是遭遇同行的恶意竞争，几经周折后走上正轨，却又被山匪觊觎。在陈二娃和同行们的努力下，众人不仅协助城防大队、联合袍哥剿灭了山匪，还让深陷赌局的赌徒重获新生、令不孝的逆子迷途知返、帮助侦探捉拿通缉犯、阻止贫苦女子被卖入青楼、带领水八块小贩们抱团生存。在火锅生意逐渐红火的过程中，陈二娃获得了事业与爱情的双丰收，也让渝商艰苦奋斗的精神得以发扬和传承。
安琪媛（赵韩樱子 饰）从小就失去了母亲，父亲安向东（赵胜胜 饰）带着她，和姥姥、老爷相依为命。两位老人经营着一家祖传的老作坊，然而这淳朴的手艺却在飞速发展的大时代之中渐渐失去了生命力。安琪媛同名为林天佑（林佑威 饰）的男子相知相爱最终携手步入了婚姻的殿堂，无奈一直得不到苛刻的婆婆林秀琴（徐桂樱 饰）的认可，安琪媛在婆家的日子很不好过，她和丈夫的感情亦三番五次遭到婆婆的挑拨离间，渐渐产生了裂痕。一次偶然中，安琪媛结识了大财团董事长的儿子齐霁（彭冠英 饰），并得到后者的鼎力相助，两人单纯的友谊被林秀琴刻意扭曲，告知了儿子。
1936年上海，从小被人收养的徐继发是一名警探，并受命调查一桩坠楼案，在他追查遭到陷害面临绝境之时，竟遇到了失散多年的亲母和胞弟，了解到自己的身世牵扯着15年前的黄金劫案，元凶与坠楼案的真凶竟是同一伙人，胞弟林奕晨竟也被他们误认作徐继发杀害。为了破案复仇，徐继发伪装成弟弟的身份继续追查真相.历尽艰辛，徐继发终于将罪犯全部绳之于法。在追查真相的过程中徐继发目睹了国民政府的腐朽和黑暗，同时让他感到发生在自己身上的悲剧是因为整个社会的腐败，他开始接触到新的思潮，从只注重个人恩怨发展到关心民族前程，抗日战争爆发后，徐继发毅然走上了寻找光明的道路。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
