南北朝时期，王朝变异，兵荒马乱，民不聊生。君不君，臣不臣，上演多少泯灭人性的乱世惨剧。时北齐皇帝高欢暴卒，经过一番明争暗斗，忠厚善良的常山王高演（乔任梁 饰）终于在母亲娄皇后（刘雪华 饰）的经营下践祚。此后不久，家中突生变异的才女陆贞（赵丽颖 饰）决心入宫当宫女，在此期间还几次三番救助被娄皇后排挤暗害的郁皇后之子长广王高湛（陈晓 饰）。一如宫门，不得回还，看似紫气缭绕的皇宫内院，同室操戈令人齿冷，各种派系倾轧攻伐更是险恶。柔弱女子陆贞身处各种阴谋和爱恨情仇的交汇点，稍不留神即有亡命危险。
该剧 讲述了五位热血青年在国家危难之时 以坚定的信仰，与敌军进行搏击。
夏朵朵（王子文 饰）是群星超市的实习店员，她拥有着高超的智商在工作中表现出色，却因为极低的情商得罪了上司，无望得到晋升。超市因为经营不善而面临破产的窘境，夏朵朵和店长王首先（黄勐 饰）以及实习店长郑墨（黄轩 饰）一起，三人为了超市的前程出谋划策，东奔西走。丝丝（殷叶子 饰）是夏朵朵的闺蜜，她误以为王首先是富二代，哪知道闹了一番乌龙。夏朵朵总算盼来了晋升，谁知道紧接着而来的明争暗斗却让她倍感疲惫，与此同时，被朵朵的单纯和善良所吸引的郑墨向前者展开了热烈的追求，而他所要面对的对手，是自己同父异母的哥哥耿子航（黄觉 饰）。
南宋时期，杭州灵隐寺住这一位疯癫和尚，人称济公，传说为罗汉转世。他本姓李，祖上乃宋太宗驸马。济公二十七岁出家，不戒酒肉，破衣拉撒，不知情者皆道其疯癫，却不知其实为得到高僧。济公济困扶危，惩治强梁，经常用一些诙谐的小法术教训那些欺压百姓、鱼肉乡民的奸佞恶霸。恶人提起他又恨又怕，百姓们则对济公师父爱戴有佳。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
