通过派出所自筹资金，不远万里抓捕杀害治保主任凶犯的感人故事，展示了基层干警一心为民的赤子之心。
22年前，于澳门街内，朱莎娇是夜总会的台柱，与港大学生祝展辉发生了一段情并怀了身孕，展辉却要远赴纽约修读新闻系。因此，莎娇便独自一人诞下女儿祝君好。莎娇的歌坛姐妹文贵芳因受不住司警男友遗弃的打击，以腐蚀性液体灌害她的儿子文初，幸莎娇及时救回其性命，但文初却从此变成哑巴。莎娇收养了文初并抚养成人。22年后，君好与文初长大成人，展辉的爱徒司徒礼信在一次机缘巧合下，与君好及文初成了好友，并想尽办法医好文初的病。文初再遇生母芳，并用自己的储蓄为芳还债。此时，文初与礼信都发现自己爱上君好，文初为了君好的幸福而退出这段
东环市郊外发现一具被肢解的女尸，重案队全体同志在队长范刚的带领下，经艰苦细致的侦查，锁定了重大犯罪嫌疑人龙飞，可是龙飞却被诊断为精神分裂症，不负刑事责任，他们又同包庇犯罪的不法分子展开了更为艰苦的斗争，最终伸张了正义，使罪犯受到应有的惩罚...
南北朝时期，王朝变异，兵荒马乱，民不聊生。君不君，臣不臣，上演多少泯灭人性的乱世惨剧。时北齐皇帝高欢暴卒，经过一番明争暗斗，忠厚善良的常山王高演（乔任梁 饰）终于在母亲娄皇后（刘雪华 饰）的经营下践祚。此后不久，家中突生变异的才女陆贞（赵丽颖 饰）决心入宫当宫女，在此期间还几次三番救助被娄皇后排挤暗害的郁皇后之子长广王高湛（陈晓 饰）。一如宫门，不得回还，看似紫气缭绕的皇宫内院，同室操戈令人齿冷，各种派系倾轧攻伐更是险恶。柔弱女子陆贞身处各种阴谋和爱恨情仇的交汇点，稍不留神即有亡命危险。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
