该剧主要讲述了 1914年，唐德号远洋途中，遭遇海盗，二副白竹声奋力救下英国人肯特与孤女陈小熙，却不知一切都是大副厉英骘等人为了谋财害命而策划。幸存的白竹声却诬陷为海盗同谋，构陷入狱，导致家破人亡，未婚妻邢悦秋也离他而去的故事。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
故事讲述了一台来自过去的MP3，让年近30的大明星赵漫儿突然可以与11年前的自己通过录音进行往来，当她以为终于可以借此改变自己现在糟糕的人生、摆脱黑料的威胁时，却没想到令过去和现在的自己陷入了更大的危机……
1978年，我国实行改革开放,以邝铭筹、洪雨桥、周定北等为代表的科技工作者，他们顺应改革开放潮流进行艰苦创业，同中关村的成长一起，不断尝试、失败，不断创新、改革，他们终于迎来创业的逐渐成功。邝铭筹、周定北、江城等人的事业迎来蓬勃发展期，项目得以接续并如火如荼展开。而洪雨桥也因郝兵导师组装电脑的事件看到了巨大商机，同郝兵一起组成事业搭档，成立了公司。至此，各种形式的公司如雨后春笋般在白颐路上出现，创业者们在一间间窄小阴暗的陋室中开始了筚路蓝缕的创业之路
三年前由于刑警刘远文的情报失误，使得其未婚妻、新晋刑警荣钰命丧毒贩伙拼的火场。缉毒大队刑警荣耀由于妹妹之死与好兄弟刘远文反目成仇，刘远文心灰意冷离开警局不知去向，而荣耀则为了报仇，经过三年的不断努力，成为了云港市禁毒大队队长。为了摧毁贩毒K集团并挖出背后国际贩毒组织头目“幽灵”，市公安局抽调资源成立了“84小组”，荣耀为报仇毅然接下组长一职，却不料小组的第一个任务，竟是为“K”集团中仅存的卧底刘远文提供支持，助其上位，接触K组织核心。于是，现实的无情，让背负命运折磨的二人，只能选择再度合作，随着一步步接近真相，二人却发现荣钰也许还活着。
佟之元（黄圣依 饰）被父母寄予厚望送往英国深造，学成归来之后，原准备在事业上大展一番拳脚的佟之元，却遭到了接连的打击。父亲事业受创被害入狱，母亲经受不住这巨大的打击选择了自杀。一时之间，佟之元失去了一切。于是，她隐姓埋名前往泰国，并且发誓一定会有一天再回到这里，亲手惩戒那些陷害过她们的人。 陈超（邓安奇 饰）是佟之元青梅竹马的玩伴，无论是佟家出事前还是出事后，他都不离不弃的守候在佟之元的身边，无奈落花有意流水无情。在泰国，佟之元意外邂逅了同父异母的两兄弟方天丘（高云翔 饰）和方天续（关智斌 饰），两人先后爱上了坚强的佟之元。
1932年，日本侵略者攻击上海闸北，十九路军伤亡惨重。杜凌云、张大器等军官为了继续抵抗侵略，他们组织成立“手枪队”，誓与日寇战斗到底。手枪队在上海刺杀日军特务，惩处汉奸走狗，给侵略者予以沉重打击，也引起敌人的疯狂报复。共产党员王振宇是杜凌云和张大器的好友，应邀加入到手枪队中，成为手枪队的领导人之一。在王振宇的引导下，杜凌云、张大器和手枪队队员们逐渐认识到共产党是抵抗侵略的最坚强力量，虽然中间经过许多误解和冲突，但他们最终坚定地接受了共产党的领导，成为共产党组织在上海的一支重要行动力量，为抵抗侵略做出了重要贡献。
君顶会所开张当日，发生一起离奇的爆炸案件，警方与劫匪进行谈判，劫匪指明要求与江京市著名的美女心理师那兰（李沐宸饰）进行谈判，警方却发现那兰就在君顶会所中，成为了劫匪的人质之一。因为谈判过程中的一些意外，君顶会所两位合伙人之一戴向阳（武宾饰）在绑架案中不幸丧生，重案组组长巴渝生（吴文璟饰）带领众人对案件进行调查。在对幸存的受害者进行审讯的时候，发现了一系列的疑点，案发现场的神秘人、不按套路出牌的劫匪、线索人物的死亡，隐藏在案件背后的真相又是什么......
讲述了才干满满却无意继承家业的顾嘉心（王子异 饰）被母亲安排成为了赵江月（金晨 饰）的助手，两人在相处中慢慢走到一起并实现梦想的故事。
