故事发生在大唐宪宗的永贞元年，朝中阉宦势力，特别是权倾朝野的俱公公，横行无忌，令人发指。木相国的女儿木芙蓉因继母秦氏的逼婚与压迫而倍感绝望。在一次绝境中，她决定跳下绣楼寻求解脱，千钧一发之际，她被夜行侠所救。夜行侠是个专门惩治贪官污吏的义士，隐藏着复仇的目的。他与木芙蓉之间迅速产生了深厚的情感，但俱公公察觉到他们的关系，开始对木芙蓉施加压力，逼迫她与秦阙成婚。为了保护木芙蓉，夜行侠冒险出手相救，但在与俱公公的势力对抗中身受重伤。
本剧讲述七十年代末，一对睡上下铺的小夫妻表面先婚后爱，实则青梅竹马、情有独钟、天作之合的爱情故事。展现七十年代国人“实用却不失善良，浪漫却不失拼搏”的精神。
作为安家十二味传人的世界名厨安文宇（陆毅 饰）因一场意外失去了味觉，一心想要学会安家十二味的“性情料理”厨师靳津津（郭采洁 饰）闯入了他寡淡的世界，成为他味觉的开关，由此拉开了故事的序幕。
苏修文（严志平 饰）是祥瑞斋珠宝行的大掌柜，因报答恩重如山的老东家入赘吴家，发妻裘曼卿（周月芳 饰）闻讯愤然投河，抛下母亲和年幼的女儿苏香萦（甘婷婷 饰）。数年后，香萦被苏修文接入吴家。东家独女吴婉宜（余娅 饰）己嫁给苏修文，其女儿吴如霜（李彩桦 饰）和二掌柜周鼎元（万思维 饰）定了亲，但已长大成人的香萦对周一见钟情，如霜拿出定情信物相思扣，指责香萦第三者插足。此时一个疯婆子的出现带来了出人意料的变故，她暗示周鼎元与香萦是前世命中姻缘，谁都想不到她竟是当年投河未死的裘曼卿。得知真相的如霜质问母亲，为何为了祥瑞斋破坏苏修文的家庭，甚至逼疯他的妻子，吴婉宜听罢有苦难言......
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
