故事发生在1937年秋的河北满城，日本人的铁蹄肆虐中原，燕赵大地成为重灾区。一直日本侦察队被土匪截杀，附近的赵村村民则遭到德川多郎（吕一丁 饰）率领的日军中队残忍血腥的报复。孤儿出身的贾小枪（曹征 饰）发誓要为父老乡亲报仇，以此机缘他得以加入八路军。为了赶走日本人 ，除掉仇人德川多郎，小枪成立了“风狼队”与之对抗，逐渐成为德川不敢小觑的人物。猎人和猎物钩心斗角，相互试探，他们都静静地等待着最终决战的时刻。而只有在决战中，才能确定谁才是真正的猎人，谁才是淌血的猎物！
赵乔一（吴倩 饰）和言默（张雨剑 饰）是高中同桌，他们一个性格大大咧咧迷迷糊糊，另一个则是学校里有名的冷血学霸。就是这样两个性格大相径庭的人，暧昧的情愫在他们之间渐渐的产生了。临近毕业时，言默邀请赵乔一和他一同前往国外深造，却被后者拒绝了。之后，虽然两人相隔千山万水，但是两人的缘分却并没有被冲淡。在大学里，赵乔一度过了平平凡凡的四年，唯一与日俱增的，是她对言默的思念。毕业后，赵乔一一狠心，决定抛弃一切，来到言默所在的城市白手起家。柴米油盐的生活让赵乔一和言默之间常常产生矛盾，外界的阻挠和意外的发生也让他们的恋情险象环生。
民国初年，军阀混战时期，船工子弟陈二娃在机缘巧合下，在重庆较场坝开了一家火锅馆。躲债的富家小姐李若兰、为清剿山匪而潜心卧底的魏天南和一心想讨老婆的大龄青年曾宝玉先后成为馆子的伙计。火锅馆刚开张，各种意想不到的事便接踵而来，先是遭遇同行的恶意竞争，几经周折后走上正轨，却又被山匪觊觎。在陈二娃和同行们的努力下，众人不仅协助城防大队、联合袍哥剿灭了山匪，还让深陷赌局的赌徒重获新生、令不孝的逆子迷途知返、帮助侦探捉拿通缉犯、阻止贫苦女子被卖入青楼、带领水八块小贩们抱团生存。在火锅生意逐渐红火的过程中，陈二娃获得了事业与爱情的双丰收，也让渝商艰苦奋斗的精神得以发扬和传承。
《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
